В статье разработан алгоритм поиска точного контура ядер клеток на снимках клеток буккального эпителия, окрашенных по Гимзе. Снимки клеток получены на микроскопе Carl Zeiss Primo Star 415500-011с 1000-кратным увеличением. Алгоритм разработан на языке Python 3.11 c использованием библиотеки компьютерного зрения OpenCV. Алгоритм состоит из двух этапов. На первом этапе идет поиск границ ядра клетки, выделение ядра в прямоугольную область и сохранение ее в отдельный файл формата jpg. На втором этапе в сохраненном файле с ядром клетки проводится уточнение границ ядра клетки с наложением маски на изображение ядра клетки по уточненным контурам. Изображения ядер клеток с уточненными контурами сохраняются в отдельных файлах в формате jpg. Полученные изображения ядер клеток с наложенной маской могут быть использованы для исследования морфологии ядра клетки, в том числе и с целью поиска маркеров скорости старения. Алгоритм может быть использован не только для получения файлов с изображением ядра клетки, но и может быть встроен в алгоритм анализа морфологии ядра клетки, использован для поиска новых маркеров, например, процесса возрастной инволюции клетки и организма в целом в геронтологических исследованиях.
The article develops an algorithm for searching for the exact contour of cell nuclei in images of buccal epithelial cells stained by Giemse. The images of the cells were obtained using a Carl Zeiss Primo Star 415500-011 microscope with 1000x magnification. The algorithm is developed in Python 3.11 using the OpenCV computer vision library. The algorithm consists of two stages. The first stage involves searching for the boundaries of the cell nucleus, selecting the nucleus into a rectangular area and saving it to a separate jpg file. At the second stage, the boundaries of the cell nucleus are clarified in the saved file with the cell nucleus and a mask is applied to the image of the cell nucleus along the specified contours. Images of cell nuclei with refined contours are saved in separate jpg files. The obtained images of cell nuclei with a mask applied can be used to study the morphology of the cell nucleus, including in order to search for markers of the rate of aging. The algorithm can be used not only to obtain files with images of the cell nucleus, but can also be integrated into an algorithm for analyzing the morphology of the cell nucleus, used to search for new markers, for example, the process of age-related cell involution and the body as a whole in gerontological research.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.