В работе рассматривается один из аспектов совместного выполнения в одном потоке нескольких независимых друг от друга по данным программных последовательностей, что достигается чередованием их инструкций в исходном коде. Эта задача является NP-сложной. В работе рассматривается метод поиска оптимального сдвига старта последовательностей через быстрое преобразование Фурье для различных вариантов постановки задачи (числа последовательностей). Цепочки инструкций представляются в виде временных рядов использования ресурсов (исполнительных портов) и регистров вычислительного ядра. При работе с регистрами ряды взаимной корреляции строятся через преобразование Фурье размерностью K, где K – число рядов. При работе с портами каждый ряд разделяется на несколько каналов, соответствующих различной нагрузке порта, для каждого канала выполняется преобразование Фурье размерностью K-1, далее результаты суммируются с заданными весами. Показано, что при K=3 в обоих случаях частотное представление имеет меньшую вычислительную сложность, чем прямой перебор. Метод также подходит для поиска оптимальной точки разреза последовательности с целью конвейерного исполнения в рамках одного потока. Алгоритм успешно находит точки оптимального совмещения для набора тестовых последовательностей с высокой дисперсией локальных средних интенсивностей использования индивидуального ресурса и сочетаний ресурсов.