В статье обоснована экспертно-оптимизационная модель управления аграрной организационной системой с неоднородной пространственной структурой пространственных элементов с интеграцией пространственных данных. Предложенный алгоритм позволил формализовать гетерогенные признаки отдельных территориально-распределенных подсистем, трансформировав их из факторов неопределенности в детерминированные параметры целевой функции многокритериальной оптимизации. Практическая реализация модели на базе действующего аграрного предприятия продемонстрировала высокую экономическую эффективность интеграции ГИС-данных и методов математического программирования. Применение генетического алгоритма обеспечило снижение суммарных затрат на материально-технические средства на 11,4 % при одновременном увеличении ожидаемого объема заготовки продукции на 7,1 %. Удельные логистические издержки сократились на 25 %, а коэффициент использования парка техники вырос с 0,68 до 0,92. Существенное сокращение площади неэффективно используемых угодий подтверждает гипотезу о наличии скрытых потерь ресурсов при игнорировании дискретности пространства. Анализ чувствительности подтвердил робастность разработанного алгоритма, продемонстрировав отсутствие чувствительности к субъективным ошибкам экспертов при оценке критериев. Таким образом, внедрение разработанного механизма подтверждает эффективность управления организационными системами на основе данных ГИС-ориентированного моделирования, создавая научно обоснованный базис для повышения стратегической устойчивости предприятий в условиях ограниченных ресурсов.