Обеспечение качества лекарственных препаратов в настоящее время является одним из значимых положений государственной политики в области здравоохранения. Для снижения риска поступления недоброкачественных и фальсифицированных лекарственных препаратов населению, требуется оптимизация функционирования текущей системы контрольно-надзорной деятельности, направленная на оптимальное использование имеющихся ресурсы при соблюдении заданных условий и ограничений. Основной формой контрольно-надзорной деятельности являются проверки объектов обращения лекарственных препаратов или объектов контроля. Для обеспечения оптимального плана проведения проверки предлагается оптимизационная модель, позволяющая минимизировать число объектов, включенных в план проверки с учетом ограничения на плановые затраты и необходимой частоты проверки производителей, находящихся в зоне риска. При этом, должно быть обеспечено максимальное число проверяемых препаратов при проверке каждого объекта. Сформированная модель относится к задачам многоальтернативной оптимизации. Для её решения предлагается двухэтапная процедура. Решается типовая задача дискретного программирования – задача о минимальном покрытии. При поиске количества доминирующих вариантов решения задачи используются базовые вариационные процедуры, позволяющие получить несколько вариантов решений. Для выбора оптимального варианта предлагается использовать процедуры экспертного оценивания. Разработанная оптимизационная модель ориентирована на широкое применение в работе регионального отделения Росздравнадзора Воронежской области.